Mahmud Shah efterfulgte sin bror, Zaman Shah, i sommeren 1216 H (1801 AD), mens broderen Shah Shuja’ var på togt i Peshawar. Der lod han sig udråbe til den retmæssige durrani-hersker, skønt hans hær blot bestod af 200 mænd.

Mahmud Shahs første regeringstid varede kun i to år, inden det lykkedes Shah Shuja’ at fortrænge ham og tage hans plads på tronen. Derefter startede guvernøren over Kandahar, Qaysar Shah, som var søn af Zaman Shah og fætter til Mahmud og Shah Shuja’, sit eget oprør tilskyndet af vesiren Fath Khan Barakzay, en af Sardar Payinda Khans mange sønner.

Fire år senere, i 1224 (1809), gjorde Qaysar Shah atter oprør og marcherede mod Peshawar, men denne gang besejrede Shah Shuja’ ham.

Mahmud Shah genvandt derpå tronen, efter at have afsat Shah Shuja’, som først flygtede til Kandahar og senere videre til Punjab.

Til slut drog Shah Shuja’ i 1227 (1812) ind i Peshawar, udviste guvernøren, Muhammad ’Azim Khan Barakzay – endnu en af Payinda Khans sønner – og bosatte sig dér i citadellet.

Mahmud blindede i 1233 (1818) Fath Khan Barakzay, hvorpå ’Azim Khan sendte sin yngre bror, Dust Muhammad, til Kabul, hvor Shah Mahmud blev afsat til fordel for en anden bror, Ayyub Shah. Han herskede som regent af navn i Peshawar og Kashmir, mens Shah Mahmud og hans søn Kamran havde nogen magt i Herat.

Bahawalpur var en de stater, der opstod efter mogul-imperiet, som havde handelsmæssig betydning, fordi den lå på handelsruten for kamelkaravaner mellem Kabul og Delhi. Den var faldet for Taymur Shah Durranis styrker i 1202-1203 (1788) og forblev under durraniernes overhøjhed indtil slutningen af Mahmud Shahs anden regeringsperiode i 1233 (1817).

Bahawalpurs møntsted var enestående, idet det prægede både enkelt- og dobbelt-rupier af sølv, så vel som enkelt- og dobbelt-guldmohur’er under Mahmuds første regeringsperiode, og dette er et yderst veldesignet og smukt eksempel på en dobbelt-rupi.